Zabbix 3.0がリリースされたので、2.4からアップデート。
公式ドキュメントでは、サーバとエージェントを停止後バイナリを上書き導入してサーバを起動すればデータベースが自動移行されるとのこと。
CentOS 7環境にて以下のコマンドでさっくりアップデート。

# systemctl stop zabbix-agent
# systemctl stop zabbix-server
# yum remove zabbix-release
# rpm -ivh http://repo.zabbix.com/zabbix/3.0/rhel/7/x86_64/zabbix-release-3.0-1.el7.noarch.rpm
# yum clean all
# yum update
# systemctl start zabbix-server
# systemctl start zabbix-agent

yum clean allを実行しないと、新しいバージョンを検出してくれなかった。